Evangeliföreningens arbete i Estland fick sin början efter Evangeliska Ungas ungdomskörs första besök i Estland i augusti 1989. Kontakt slöts då med EELK Lääne-Nigula församling. Arbetet bestod av litteraturhjälp, utbildning, predikobesök och audioverksamhet samt endel humanitär hjälp. Senare har samarbetsavtalet överflyttats på EELK Lääne prosteri, som för föreningens räkning anställt en ungdomsarbetare, Heikki Mutso. Han arbetar framför allt bland scouterna, men deltar också i utbildningen av ledare i hela kyrkan.

Enligt modell från Evangeliföreningens ungdomskör Evangelicum har Lääne prosteri en egen ungdomskör, som också understöds av Evangeliföreningens estlandsarbete. Besöksverksamheten, litteraturarbetet och audioverksamheten fortsätter enligt förutsättningar.

Evangeliföreningens styrelse har tillsatt en Estlandskommitté med ansvar för verksamheten i Estland. Kommittéarbetet och administrationen av arbetet sker som oavlönad fritidsverksamhet.