SLEF:s arbete i Estland inleddes år 1989.

Rael Leedjärv, missionär i Kenya under åren 2004–2008 genom ett samarbetsavtal mellan SLEF och Estlands lutherska kyrkas Missionscentral, det första i sitt slag.

År 2003 inleddes SLEF:s predikoverksamhet i Estland genom predikoresor vår och höst.