Under ortodoxins tid i Tyskland var intresset koncentrerat på läran och den intellektuella sidan av kristendomen. Samtidigt upplevde dock mystiken och ett innerligt fromhetsliv en renässans, som banade väg för pietismen. Denna rörelse reagerade mot en kristendom som stelnat i renlärighet och intolerans. Kristendomen var inte ren lära och rätt bekännelse utan liv, ansåg pietisterna. Tron skulle inte ha sin plats i huvudet utan i hjärtat. Tron var inte något objektivt utan något högst subjektivt. Den var inte ämbete och kyrkoorganisation utan omvändelse och fromhet. Pietismen betonade det individualistiska och kritiserade ortodoxins kollektiva kyrkofromhet. Därför lyfte man fram behovet av smågrupper inom kyrkan där man kunde samlas till lekmannaledda så kallade konventiklar.

Den som betraktas som pietismens grundare var Philipp Jakob Spener (1635–1705). År 1675 utgav han sin programförklaring ”Pia desideria” (Fromma önskningar), där han framlade sitt reformprogram i sex punkter. Spener var kyrkligt konservativ. Udden i hans kyrkliga reformprogram var riktad mot kyrklig slentrian och tom vanekristendom, men han ville inte bryta med den lutherska kyrkan. Teologiskt stod Spener närmast på den lutherska ortodoxins grund, även om han avvek från denna på några punkter. Pånyttfödelsen förlade han inte till dopet utan till omvändelsen, och rättfärdiggörelsen ställdes i skuggan av helgelsen.

Starkare än ortodoxin betonade Spener det personliga kristna engagemanget. I centrum ställde han det subjektiva religiösa skeendet. Pånyttfödelsen uppfattade han som en inre förvandling verkad av den i hjärtat inneboende Kristus. Ett tecken på att den förvandlade människan är rättfärdiggjord är den nya vandel genom vilken den kristne skiljer sig från världen och de oomvända. Trosbegreppet omformades och utvidgades av Spener. Tron var för honom inte bara kunskap, ett instämmande i trossanningarna, eller förtröstan, utan också den kraft som åstadkommer livets förvandling.

Den andre av den kyrkliga pietismens förgrundsgestalter var August Hermann Francke (1663–1727), som var professor vid det pietistiska universitet i Halle som Spener varit med om att upprätta. Francke gjorde staden Halle till pietismens högborg. Liksom Spener ville också Francke reformera kyrkan och lägga tonvikten på livet i stället för på läran. Men Franckes pietism var mera lagisk än Speners. Francke betonade att om en människa ska bli kristen måste det ske genom en ångestfylld botkamp och en tydlig omvändelse som skulle manifesteras genom ett heligt liv. Därvidlag skulle den kristne avhålla sig från allt världsligt umgänge och alla världsliga nöjen. Dans, teater och kortspel var förbjudna. Francke gjorde därmed sin egen botkamp och omvändelse normerande för alla människor.

Det kulturfientliga draget i hallepietismen uteslöt inte att den var starkt utåtriktad och socialt aktiv. Francke introducerade diakonin i den lutherska kyrkan genom att upprätta de halleska stiftelserna. Dessa omfattade hem och skola för föräldralösa barn, latinskola, teologisk undervisning, sjukhus, boktryckeri och fri bespisning för studenter. Likaså introducerade hallepietismen yttre mission i den lutherska kyrkan. De första pietistiska missionärerna seglade iväg till Trankebar i Indien år 1706.